Дијаспора Вести Студентски достигнувања; од одделот за генетика; на Факултетот; ii по биологија
Тим специјалисти и студенти на Одделот за генетика на Биолошкиот факултет на Универзитетот во Букурешт го извршија првото секвенционирање на генотипот на повеќеклеточен еукариотски организам (во оваа категорија спаѓаат сите растенија и животни) направен целосно во Романија. Името генотип е посоодветно за генетските информации на поединец или локална популација отколку општиот поим геном, кој треба да се користи за видот.
Лабораторискиот тим на Дрософила го секвенционираше генотипот (Секвенционирање на цел геном) на локална линија на Дрософила меланогастер (комарец со оцет), добиен од лица собрани од под-планинската локација Романи де Сус - Хорезу (Валцеа) и стабилизиран во лабораторијата.
Практичното искуство стекнато во овој пилот проект ќе му овозможи на лабораторискиот тим Дрософила на Биолошкиот факултет на УБ да се осврне на многу теоретски и практични прашања поврзани со геномиката и генетиката на Д.меланогастер, но исто така да го разгледа и редоследот на генотипите и геномите на другите линии или видови од интерес, вклучително и хомо сапиенс.
Всушност, една од главните истражувачки активности извршени во лабораторијата Дрософила на Биолошкиот факултет на УБ е анализата на биоинформатиката на присуството, фреквенцијата и дистрибуцијата на мобилните генетски елементи, наречени транспозони, во генотипот на линијата Хорезу.
Интерпретацијата на податоците за секвенционирање претставува голем предизвик во однос на сложеноста на софтверот за биоинформатика и компјутерската моќ што е потребна за структурното обележување на транспоносите од интерес за генотипот на линијата D. melanogaster-Horezu.
Овој експериментален пристап овозможува пристап на теоретски и практични аспекти поврзани со геномиката и генетиката на видовите D. melanogaster, а карактеризацијата на транспозоните од класа II во природните линии е предмет на докторска теза во полн ек во лабораторијата Дрософила.
Интерпретацијата на податоците за секвенционирање во однос на романската линија на Д. меланогастер е извршена во лабораторијата Дрософила на Биолошкиот факултет на УБ, вклучително и со помош на програмата за биоинформатика Геном АРТИСТ (www.genomeartist.ro), исто така развиена во оваа лабораторија.
Членовите на тимот вклучени во експериментот за секвенционирање предаваат. унив д-р Рачиу Ц. Атила, докторанд Болога М. Александру, магистер студент Гиќ Ц. Јулијан, студент Баăенеску В. Михнеа и вонреден професор Д-р Александру Ал. Ековоју.
За добивање и обработка на нуклеотидните низи беше потребен компјутер опремен со 32 GB DDR4 RAM, процесор i7-6500U, 500 GB SSD и LINUX MINT оперативен систем, на кој беше поврзан уредот за секвенционирање на Oxford Nanopore MinION, великодушно обезбеден од на колегите микробиолози.
После 48 часа ефикасно секвенционирање, беа генерирани 36,5 GB специфични податоци, за чија понатамошна обработка во посебен формат беа потребни уште 4 дена континуирана пресметка, така што компјутерот работи непрекинато околу 6 дена, во текот на 28 февруари - 4 март 2020 година.
Колекцијата на читања (секвенци) е зачувана во меѓународната база на податоци Национален центар за информации за биотехнологија (НЦБИ), а на врската може да се пристапи тука.