Енергија - поврзувачки енергетски калории - CiupaCabra

Се обидувам да ги оптимизирам интеракциите за низа случајни молекули и да тестирам на протеин користејќи софтвер за докинг. Софтверот користи QM/MMGBSA за да пресмета слободна енергија во џули (да, тоа не е мерење, но е многу заклучок). Поголемите молекули автоматски имаат повеќе слободна енергија бидејќи имаат висок енергетски потенцијал. Би сакал слободната енергија да ја поделам со количината на атоми во молекулата или со вкупниот број на молекулите на Далтон. Идејата би била нормализирање на енергијата и обезбедување на количината на калории поврзани со врската. Побарав универзитетски професор да ја измери ефективноста на врската на овој начин и тој рече дека не знае што ќе понуди џул/табела. Се чини дека количината на калории што е потребна е правилно да ги класифицира со точни големини на одржливост 2 позитивни и 1 негативни контроли, но ми треба оваа идеја да помине рецензија. Тоа е мојата разумна рационализација на ouул/Далтон?

поврзувачки

Ја мери енергијата на врзување на азттп (AZT трифосфат), gtp (гванин трифосфат) и AZTppppA (AZTP + AMP) на попречно ХИВ од див тип (8ICO). За мој негативен примерок (AZT + AMP) се користат 8 висококвалитетни конформатори и независни приклучоци со QM/MMGBSA, 5 конформатори за мојот најголем позитивен примерок (AZTTP) и 1 конформатор за помал позитивен примерок (gtp). Имам два или три висококвалитетни конформатори преку истите процеси за секој примерок за тестирање.

ХИВ РТ има тунел во кој аналози на нуклеотиди минуваат низ џеб каде што, ако молекулата се врзува ефикасно, таа е прифатена, но ако не успее, таа се фосфорилира и се излачува. Се обидувам да создадам метрика што може да се искористи за мерење на ефективноста на врската и да ми овозможи да ја заклучам веројатноста за одбивање (само). Бидејќи прозорецот/полето за приклучување е мал и не се менува за секој испитаник, би сакал да сметам дека ХИВ-РТ е константа.