Услужен објект NIG NGS за интегративна геномика - Институт за хумана генетика

Д-р Габриела Салинас
Раководител на NIG
[email protected]

Quаклин Финк
Технички асистент
[email protected]

Сузана Лутин
Технички асистент
[email protected]

Услужниот објект NGS за интегративна геномика (NIG) е објект за научна услуга на Универзитетскиот медицински центар Гетинген (UMG) и е закотвен на Институтот за генетика на човекот. Ние поддржуваме биомедицински истражувања во областа на геномиката, транскриптомиката и епигеномијата со имплементација на геномски анализи со користење на редоследот на следната генерација (NGS) и примена на техники за микроелементи. За таа цел, ние ја обезбедуваме нашата долгогодишна експертиза, врвна инфраструктура и осмислени процеси. Работиме и на развој на нови технологии, кои потоа ги воспоставуваме како услуга.

услужен

На нашите корисници им нудиме сеопфатна лабораториска услуга која се состои од РНК/ДНК препарати, анализи на квалитет, подготовка на примероци за длабоко секвенционирање и анализи на микроелементи и, доколку е потребно, ги поддржуваме и со обемна статистичка и биоинформативна поддршка од зачнувањето на дизајнот на проектот до анализата на експерименталните податоци.

Нашите научни совети и услуги се отворени за истражувачки групи UMG, како и за универзитетски и не-универзитетски партнери за соработка врз основа на споделување трошоци.

Техничкиот надзор на услужниот објект го има директорот на Институтот за хумана генетика, проф. Бернд Волник. Управувањето со услужниот објект е обврска на Др. Габриела Салинас.

Ние би биле среќни да ви ја обезбедиме нашата експертиза за првични консултации и/или да подготвиме понуда за вас.

Услуги и опрема

задача

Контакт

Публикации

Услуги и опрема

Нашата целосна услуга вклучува првична дискусија за дизајнот на проектот, подготовка на примерок, имплементација на молекуларни анализи и обезбедување на генерирани податоци за понатамошна анализа (генерирање на податоци за прв пат).

Услуги

Планирање на дизајнот на проектот

Успешен експеримент базиран на NGS бара претходно внимателно дизајнирање на детален план на проектот. Нашата цел е да добиеме високо квалитетен материјал и статистичка важност преку оптимално поставување. На пример, ги разјаснуваме следниве прашања со нашите корисници:

  • Кое е прашањето/хипотезата за експериментот?
  • Како може ова прашање најдобро да се преведе во статистички релевантна и економична поставка?
  • Која е точната цел на експериментот?
  • Каков вид и број на примероци се потребни за да се добие робустен резултат?
  • Како се добиваат овие примероци?
  • Кој метод на извлекување на РНК/ДНК е погоден?
  • Како може да се зачува интегритетот на РНК/ДНК?
  • Која платформа/технологија треба да се користи?

Секвенционирање на следната генерација

Секвенционирање на следната генерација (NGS) е процес со голема пропусност што овозможува брзо секвенционирање на базните парови во примероците на ДНК или РНК. Прашањата за кои може да се користи технологијата NGS се разновидни. Тие бараат анализи засновани на ДНК и РНК и имаат за цел да детектираат големи геномски промени (на пр. Промени во бројот на копии), како и промени на одделни нуклеотиди. Анализи на експресија на гени, откривање на епигенетски промени и молекуларни анализи преку анализи на ДНК метилација се исто така можни и потребни. NGS го поттикнува откривањето и ја овозможува иднината на персонализираната медицина.

Микро-низи

Нашата палета на услуги вклучува широк спектар на апликации базирани на микро-низа. Користејќи две платформи (Agilent и Affymetrix), ние ги поддржуваме нашите корисници особено во спроведување на експерименти со микро-низа за анализа на експресија на геном, егзонски низи, анализи на miRNA, анализи на генотипизација, низи CGH и SNP низи.

Анализа на податоци/биоинформатика

Ние помагаме при планирање на експерименталниот концепт, анализа на податоци, подготовка на податоци во објавени слики и толкување на резултатите од анализата и препорачуваме понатамошни анализи доколку е потребно. Ние поддржуваме широк спектар на апликации базирани на NGS и со објавени и современи софтверски пакети. Генерирањето на податоци вклучува проверка на квалитетот и опционално филтрирање и сечење на податоците. Анализата на податоците вклучува сеопфатна контрола на квалитетот, мапирање, сумирање на читање/повикување на СНП, визуелизација на податоци, статистика, функционална коментар и интерпретација на податоците.

Ако стандардните процедури се оттргнат во лабораториските протоколи или статистичката анализа и визуелизација, можеме да дејствуваме врз основа на соработка.

Мебел

Имаме најсовремена опрема со високи перформанси за ефективно и временско ефикасно спроведување на широк спектар на анализи.

Секвенционирање на една клетка

Флуидигма на системот C1

NGS автоматизација и контрола на квалитетот на примероците

Бекман Култер, биомек-автоматизиран примерок за секвенционирање на следната генерација на примерок

задача

Ние би биле среќни да ви направиме лична понуда. За нарачка за анализа, испратете ни го пополнетиот документ преку е-пошта на [email protected].

Рамковните услови утврдени во регулативите за корисникот и концептот на работа се однесуваат на спроведувањето на бараните анализи.

Контакт

Идеално, контактирајте не што е можно порано во вашиот проект. На овој начин, можеме да работиме заедно за да развиеме оптимална стратегија што ги задоволува потребите на анализите ширум геномите.

Вашата личност за контакт

Д-р Габриела Салинас
Раководител на NIG

Поднесување примероци

Ве молиме, испратете ги вашите примероци на:

Д-р Габриела Салинас
NGS-интегративна геномика (NIG)
Универзитетски медицински центар Гетинген (УМГ)
Јустус-фон-Либиг Вег 11
37077 Гетинген

Публикации NIG

2015 година и порано

Долгорочни ефекти на емаглифлозин врз побудување-контракција-спојка кај човечки индуцирани плурипотентни кардиомиоцити на матични клетки
Пабел С, Риц Ф, Дибкова Н, Шомрони О, Салинас Г, Мустроф Ј, Хамер КП, Хасенфус Г, Хамдани Н, Мајер ЛС, Стрекфус-Бамеке К, Сосала С.
J Mol Med 2020 9 октомври. [Epub пред печатење]

Транслатомот на моторниот неврон открива дерегулација на SYNGR4 и PLEKHB1 кај мутантни модели на TDP-43 амиотрофична латерална склероза
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 7 јули: ddaa140. дои: 10.1093/hmg/ddaa140. Он-лајн пред печатење.

Карактеризација на циркулирачките клетки на рак на дојка со тумороген и метастатски капацитет
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 15 јули: e11908. дои: 10.15252/емм.201911908. Он-лајн пред печатење.

Интронична поправка на CRISPR во претклинички модел на кардиомиопатија поврзана со Ноунан синдром
Ханнес У, Клајнсорх М, Роус Л, Јигит Г, Ли Ј, Барбарикс Б, Ел-Батрави И, Лан Х, Тибурси М, Хиндмарш Р, Ленц Ц, Салинас Gи, Дике С, Милер Ц, Адам Им, Алтмилер ler, Нирнберг П, Пол Т, Цимерман WH, Хасенфус Г, Волник Б, Сиганек Л.
Циркулација. 2020 јули 6. дои: 10.1161/ЦИРКУЛАЦИЈА АХА.119.044794. Он-лајн пред печатење.

Модулација на ендоцитоза со посредство на ДНК метилација како потенцијален механизам за регулирање на синаптичката функција во мозочните инхибиторни кортикални интерневрони
Пенсолд Д, Рајхард Ј, Ван Ло КМЈ, Циганок Н, Хан А, Баер Ц, Либман Л, Грош Ј, Тителмаер Ј, Лингнер Т, Салинас-Ристер Г, Симанк Ј, Халфман Ц, Гонзалес-Бермедез Л, Урбах А, Герман Ј, Коста I, Пјелер Т, Хјубнер Калифорнија, Ватер Х, Кампа Б, Бекер Ај, Зимер-Бенш Г.
Cereb Cortex 2020 1 јуни; 30 (7): 3921-3937. дои: 10.1093/cercor/bhaa009.

Сијалилацијата на IgG Fc се регулира за време на реакцијата на герминативниот центар при имунизација со различни адјуванти
Бартш ЕЦ, Ешвајлер С, Лелиавски А, Лундинг ХБ, Вагт С, Петри Ј, Лилиентал ГМ, Рахмелер Ј, де Хан Н, Халшер А, Ерапанеди Р, ianану АД, Али Л, Сато Р, де Ниф ЛА, Винклер А, Брауман Д, Хобуш Ј, Кухниг К, Кремер В, Штајнхаус М, Бланшард В, Гемол Т, Хаберман Jеј Кеј, Колин М, Салинас Г, Манц РА, Фукујама Х, Корн Т, Вајсман А, Јогев Н, Хубер С, Рабе Б., Роуз-Johnон С, Буш Х, Берберих-Зибелт Ф, Халшер Ц, Вурер М, Елерс М.
Клиника за алергија Ј имунол 2020 20 мај: S0091-6749 (20) 30728-4. дои: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

Де муто мутациите во FBRSL1 предизвикуваат нов синдром на препознатлива малформација и интелектуална попреченост
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Хум генет. 2020 година 18 мај.

Инхибицијата на автофагичниот протеин ULK1 ја ослабува аксонската дегенерација in vitro и in vivo, го подобрува преводот и го модулира спојувањето
Вахсен Б.Ф., Рибас В.Т., Сандермејер Ј, Бокер А, Дамбек В, Ленц Ц, Шомрони О, Калди Гомеш Л, Татенхорст Л, Барски Е, Розер АЕ, Мишел У, Урлауб Х, Салинас Г, Бахер М, Кох ЈК, Лингор П.
Разликата на смртта во клетките 2020 април 27. дои: 10.1038/s41418-020-0543-година. [Epub пред печатење]

Разновидност на клинички релевантни резултати што резултираат од хипофракционирано зрачење во матични клетки на човечки глиома, огледала на различни модели на транскриптомски промени
Каласаускас Д, Сорокин М, Спранг Б, Елмасри А, Виехвег С, Салинас Г, Опиц Л, Раве-Френк М, Шулц-Шефер В, Кантелхард СР, Гизе А, Буздин А, Ким ЕЛ
Ракови (Базел) 2020 1 март; 12 (3). pii: E570. дои: 10,3390/карциноми12030570.

Амониумот делува систематски, додека нитратот врши дополнителен локален ефект врз јазлите на Медикаго truncatula
Шулце Ј, Лизе Р, Балестерос Г, Касиери Л, Салинас Г, Кабеза Р.А.
Науки за растенија. 2020 март; 292: 110383. дои: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 19 декември.

Зголемено присуство и диференцијално молекуларно втиснување на клетките за засилување на транзитот кај псоријазата
Вит К, Јиркот К, Христоу Д, Хехт Ј, Салинас Г, Кругер У, Клајн О, Коколакис Г, Вите-Хендел Е, Меснер Р, Волк HD, Волк К, Сабат Р
J Mol Med 2020 јануари; 98 (1): 111-122. дои: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 12 декември.

Активирање на ендогената генска експресија со посредство на CRISPR во постнаталното срце
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 3 јануари; 126 (1): 6-24. дои: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 15 ноември.