АГ Салинас - Институт за хумана генетика

Д-р Габриела Салинас
Лидер на работната група
[email protected]

Quаклин Финк
Технички асистент
[email protected]

Сузана Лутин
Технички асистент
[email protected]

Фокус

Проекти

Публикации

Фокус

Секвенционирањето со висока пропусна моќ (Секвенционирање на следната генерација, NGS) во меѓувреме стана цврсто утврдено како технологија и се користи за анализи во широк спектар на истражувачки апликации во сите области на животните науки. Ова исто така важи и за клиничкиот контекст, каде што ја поедноставува дијагностиката и овозможува терапевтски пристапи базирани на персонализирана медицина. Во исто време, тоа покренува нови технолошки, правни и етички прашања на кои треба да се одговори.

Целта на нашата истражувачка група е да го олесни пристапот до најновите и најсовремени NGS технологии, методи и платформи и да ги поддржи нашите партнери за соработка и корисници на нивниот пат до сигурни резултати од истражувањето со нашата обемна биоинформатичка експертиза.

Ние исто така ги користиме резултатите и напредокот постигнат во нашите истражувачки проекти за континуирано подобрување и проширување на ресурсите и услугите што ги нудиме во рамките на NIG, Услужниот објект NGS за интегративна геномика на Универзитетскиот медицински центар Гетинген.

Проекти

Развој на нова платформа scRNA-Seq од CellenONE X1 и ICELL8

Технологиите базирани на NGS за геномски, транскриптомски и епигеномски проблеми сè повеќе се фокусираат на карактеризација на одделни клетки. Користејќи едноклеточно секвенционирање (СЦС), може да се дешифрираат комплексни хетерогени популации на клетки и регулаторни врски помеѓу типови на клетки и да се следи развојниот пат на специфични подтипови на клетките во ткивото. Овие се исто така суштински прашања во различни проекти на SFB1002 во UMG, кој истражува како состојбите на болести, стратегиите за третман и насочените модулации влијаат на различните клеточни популации на срцето кај болести кај луѓето и кај животински модели.

Нашата група работи на развој на платформи за единечни ќелии NGS со цел да се подобри изолацијата на единечните ќелии, т.е. првиот и критичен чекор. Со користење на CellenONE X1 за изолација на клетките, постигнуваме дистрибуција на клетки со висока ефикасност (скоро 100%), висока стапка на преживување, висока прецизност, со голема пропусност и со добра документација и визуелизација на изолираните клетки.

За голема пропусност, одделните ќелии од CellenONE X1 се издаваат на плоча со 5184 бунари од Такара, плочата ICELL8 со или без индексирање на етикети во зависност од потребното создавање на библиотеката (целосно автоматизирана). Три различни протоколи се достапни за scRNA-Seq: а) пристап базиран на 3 ', б) пристап за целосна должина на mRNA-Seq и в) целосен пристап на RNA-Seq со SMART технологијата од Takara . Системот овозможува спроведување на методите за секвенционирање на ДНК, како и библиотеки базирани на Некстера (ATAC-Seq).

Директен РНК-Сек со употреба на технологија Оксфорд Нанопор

Секвенционерот MinION е преносен секвентор за читање со долго читање. По неколку ажурирања, нејзината точност на секвенционирање сега е над 90% и очекуваниот број на читања по проточна ќелија е неколку стотици илјади по проточна ќелија. Должината на читање е исто така подобрена и сега достигнува N50 должина на читање од над 100 kb. Во моментов ја тестираме употребата на MinION за RNA-Seq со проточна ќелија R7.3 MionION и за едноклеточната RNA-Seq со R7.3 и 9.4 проточните ќелии.

Секвенционирање на RNA на самото место со задржување на просторните информации

Оваа техника е иновативен пристап кој обезбедува информации за единечни клеточни транскриптоми или изразување на високо мултиплексиран ген за анализа на ткива или клинички примероци (биопсии) без потреба од протоколи за дисоцијација на ткивата. Ова претставува технолошка револуција, особено за клиничките истражувања.

Протоколи во основањето

Во моментов се воспоставуваат следниве протоколи:

Основна изолација за единечно јадро РНК-Seq (SNS) за ICELL8
Основна изолација за единечна RNA-Seq (SNS) за 10 x геномика
Пристапи кон еднаклеточна тотална РНК сек

Техники на длабоко учење за асоцијативни студии за транскриптом и динамика на системите во морфогенезата на ткивата

Во оваа иницијатива, научниците од теоријата на информации, теоретската невронаука, транскриптомиката и клеточната и развојната биологија работат заедно за да комбинираат податоци за сликање и изразување за прв пат и на тој начин да ги разберат односите помеѓу генската експресија во одделните клетки и однесувањето на клеточните групи. Целта е да се автоматизира динамичката реконструкција на ткивото од големи слики во живо со користење на длабоко учење за идентификување на одделни клетки во клучно време во ембрионот во реално време и нивна транскриптомичка анализа.

Проектот е финансиран од Министерството за наука и култура на Долна Саксонија (MWK) и Фондацијата Фолксваген како дел од тендерот „Големи податоци во животните науки за иднината“.

Кон соопштението на УМГ

KFO 5002 "Карактеризација и таргетирање на динамиката на геномот за специфична под-тип на терапија на рак на панкреас"

Централен проект CP2

Дополнителни информации за KFO 5002

SFB 1002 "Модулаторни единици при срцева слабост"

Колаборативниот истражувачки центар (СФБ) 1002, финансиран од ДФГ, има за цел подобро разбирање на деталите и односите вклучени во раширената болест на срцева слабост („срцева слабост“). Целта на истражувачите на СФБ е да развијат нови методи за поефикасен третман на срцева слабост. За да го направат ова, тие ги испитуваат избраните патеки на сигналот што воспоставуваат комуникација помеѓу различните клетки во срцето и најмалите функционални единици во срцевите клетки, т.н. функционални микродомени и играат улога во развојот на срцева инсуфициенција.

Дополнителни информации за SFB1002

Публикации АГ Салинас

2015 година и порано

Долгорочни ефекти на емаглифлозин врз побудување-контракција-спојка кај човечки индуцирани плурипотентни кардиомиоцити на матични клетки
Пабел С, Риц Ф, Дибкова Н, Шомрони О, Салинас Г, Мустроф Ј, Хамер КП, Хасенфус Г, Хамдани Н, Мајер ЛС, Стрекфус-Бамеке К, Сосала С.
J Mol Med 2020 9 октомври. [Epub пред печатење]

Транслатомот на моторниот неврон открива дерегулација на SYNGR4 и PLEKHB1 кај мутантни модели на TDP-43 амиотрофична латерална склероза
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 7 јули: ddaa140. дои: 10.1093/hmg/ddaa140. Он-лајн пред печатење.

Карактеризација на циркулирачките клетки на рак на дојка со тумороген и метастатски капацитет
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 15 јули: e11908. дои: 10.15252/емм.201911908. Он-лајн пред печатење.

Интронична поправка на CRISPR во претклинички модел на кардиомиопатија поврзана со Ноунан синдром
Ханнес У, Клајнсорх М, Роус Л, Јигит Г, Ли Ј, Барбарикс Б, Ел-Батрави И, Лан Х, Тибурси М, Хиндмарш Р, Ленц Ц, Салинас Gи, Дике С, Милер Ц, Адам Им, Алтмилер ler, Нирнберг П, Пол Т, Цимерман WH, Хасенфус Г, Волник Б, Сиганек Л.
Циркулација. 2020 јули 6. дои: 10.1161/ЦИРКУЛАЦИЈА АХА.119.044794. Он-лајн пред печатење.

Модулација на ендоцитоза со посредство на ДНК метилација како потенцијален механизам за регулирање на синаптичката функција во мозочните инхибиторни кортикални интерневрони
Пенсолд Д, Рајхард Ј, Ван Ло КМЈ, Циганок Н, Хан А, Баер Ц, Либман Л, Грош Ј, Тителмаер Ј, Лингнер Т, Салинас-Ристер Г, Симанк Ј, Халфман Ц, Гонзалес-Бермедез Л, Урбах А, Герман Ј, Коста I, Пјелер Т, Хјубнер Калифорнија, Ватер Х, Кампа Б, Бекер Ај, Зимер-Бенш Г.
Cereb Cortex 2020 1 јуни; 30 (7): 3921-3937. дои: 10.1093/cercor/bhaa009.

Сијалилацијата на IgG Fc се регулира за време на реакцијата на герминативниот центар при имунизација со различни адјуванти
Бартш ЕЦ, Ешвајлер С, Лелиавски А, Лундинг ХБ, Вагт С, Петри Ј, Лилиентал ГМ, Рахмелер Ј, де Хан Н, Халшер А, Ерапанеди Р, ianану АД, Али Л, Сато Р, де Ниф ЛА, Винклер А, Брауман Д, Хобуш Ј, Кухниг К, Кремер В, Штајнхаус М, Бланшард В, Гемол Т, Хаберман Jеј Кеј, Колин М, Салинас Г, Манц РА, Фукујама Х, Корн Т, Вајсман А, Јогев Н, Хубер С, Рабе Б., Роуз-Johnон С, Буш Х, Берберих-Зибелт Ф, Халшер Ц, Вурер М, Елерс М.
Клиника за алергија Ј имунол 2020 20 мај: S0091-6749 (20) 30728-4. дои: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

Де муто мутациите во FBRSL1 предизвикуваат нов синдром на препознатлива малформација и интелектуална попреченост
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Хум генет. 2020 година 18 мај.

Инхибицијата на автофагичниот протеин ULK1 ја ослабува аксонската дегенерација in vitro и in vivo, го подобрува преводот и го модулира спојувањето
Вахсен Б.Ф., Рибас В.Т., Сандермејер Ј, Бокер А, Дамбек В, Ленц Ц, Шомрони О, Калди Гомеш Л, Татенхорст Л, Барски Е, Розер АЕ, Мишел У, Урлауб Х, Салинас Г, Бахер М, Кох ЈК, Лингор П.
Разликата на смртта во клетките 2020 април 27. дои: 10.1038/s41418-020-0543-година. [Epub пред печатење]

Разновидност на клинички релевантни резултати што резултираат од хипофракционирано зрачење во матични клетки на човечки глиома, огледала на различни модели на транскриптомски промени
Каласаускас Д, Сорокин М, Спранг Б, Елмасри А, Виехвег С, Салинас Г, Опиц Л, Раве-Френк М, Шулц-Шефер В, Кантелхард СР, Гизе А, Буздин А, Ким ЕЛ
Ракови (Базел) 2020 1 март; 12 (3). pii: E570. дои: 10,3390/карциноми12030570.

Амониумот делува систематски, додека нитратот врши дополнителен локален ефект врз јазлите на Медикаго truncatula
Шулце Ј, Лизе Р, Балестерос Г, Касиери Л, Салинас Г, Кабеза Р.А.
Науки за растенија. 2020 март; 292: 110383. дои: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 19 декември.

Зголемено присуство и диференцијално молекуларно втиснување на клетките за засилување на транзитот кај псоријазата
Вит К, Јиркот К, Христоу Д, Хехт Ј, Салинас Г, Кругер У, Клајн О, Коколакис Г, Вите-Хендел Е, Меснер Р, Волк HD, Волк К, Сабат Р
J Mol Med 2020 јануари; 98 (1): 111-122. дои: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 12 декември.

Активирање на ендогената генска експресија со посредство на CRISPR во постнаталното срце
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 3 јануари; 126 (1): 6-24. дои: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 15 ноември.