Чир на желудник - причина често се бактериите
Долго време, експертите сметаа дека агресивната киселина во желудникот е најважната причина за чир на желудник.

Сепак, слузницата на желудникот обично е заштитена со густ слој на слуз, и тоа само кога е оштетен, може да се развие чир на желудник. Затоа киселината во желудникот сега е помалку причина отколку предизвикувачот на чир на желудник. Основната причина е нерамнотежа на факторите што ја оштетуваат слузницата на желудникот и оние што го штитат. Таквата нерамнотежа може да има различни причини.
Една од најважните причини за чир на желудник е една инфекција со бактеријата Helicobacter pylori, една од ретките бактерии што може да преживее во непријателски услови во стомакот. Последица на таквата инфекција е хронично воспаление на мукозата на желудникот, што доведува до намалено производство на заштитни фактори и хиперпродукција на желудечна киселина. Сепак, Helicobacter pylori се наоѓа и во дигестивниот тракт кај многу здрави луѓе. Исто така може дури и луѓе без инфекција со хеликобактер развиваат чир на желудникn страдаат.