СИСТОМОНАС - интегрирана база на податоци; биологија; псевдомона; СИСТОМОНАС
за анализа на системи за биологија на Псевдомонас Клаудија Чои 1, Ричард Му нч1, Стефан Леуполд 1, Јоханес Клајн 1, Инга Сигел 1, Бернхард Тилен2, Беатрис Бенкерт1, Мартин Куклик1, Макс Шоберт1, Јенс Бартелмес2, Кристијан Ебелинг2, Исам Хадад1, Морис Шеер1,4, Андреас Гроте1,3, Карстен Хилер1, Бојк Банк1, Керстин Шрајбер1, Ида Ретер1, Дитмар Шомбург2 и Диетро Јханит 1, на Техничкиот универзитет во Брауншвајг, Spielmannstrasse 7, D-38106
Брауншвајг, Германија, 2 Институт СИСТОМОНАС
- für Biochemie, Universita tzuKo ln, Zu lpicher Strasse 47, D-50674 Ko ln, Германија, 3 Институт за инженерство за биопроцеси, Технички универзитет Брауншвајг, Гаустрас 17, Д-38106 Брауншвајг, Германија и 4 оддел за компјутерски науки, Д-38302 Волфенбу Тел, Германија Примено на 11.08.2006 година; Ревидиран и прифатен на 5 октомври 2006 година АБСТРАКТ На интегрирана платформа за биоинформатика за системски биолошки пристап кон биологијата на апсеудомонадите кај инфекции и биотехнологија
- Основана е базата на податоци SYSTOMONAS (системска биологија ofpseudOMONAS). Покрај нашите сопствени експериментални податоци за метаболом, протеом и транскрипција, зачувани се и разни дополнителни предвидувања на клеточните процеси, како што се мрежните регулаторни гени. Реконструкцијата на СИСТОМОНАС на метаболичките мрежи во СИСТОМОНАС беше спроведена со споредба
постигната геномика. Широката интеграција на податоци се спроведува преку сапунски интерфејси за воспоставените бази на податоци Бренда, KEGG и PRODORIC. Дадени се разни алатки за анализа на зачуваните податоци на СИСТОМОНАС и за визуелизација на соодветните резултати, кои овозможуваат брзо разбирање на метаболичките патишта, геномските аранжмани или структурите на промоторите на СИСТОМОНАС. Фокусот на СИСТОМОНАС е насочен кон псевдомонади и особено псевдомона аеругиноза, опортунистички човечки патоген. Со оваа база на податоци би сакале да ја охрабриме заедницата на сеудомонас да ги разјасни клеточните процеси од интерес користејќи стратегија за биологија на интегрирани системи. СИСТОМОНАС Базата на податоци е достапна на http://www.systomonas.de. СИСТОМОНАС традиционално беа мотивирани
метаболички и генски регулаторни мрежи анализирани одделно. Постојат различни алатки за реконструкција на метаболичката мрежа [З. Б. (1-3)] и за генерирање мрежи на регулирање на гени (4), DH предвидува регулирање на одредени гени со специфични фактори на транскрипција. Сепак, сè уште има само неколку алатки што ги комбинираат обете мрежи како што е Pemway Tools Omics Viewer (5). Оваа слаба врска помеѓу опишаните два Пристапите би можеле да се должат на фактот дека потребните информации за коментар се зачувуваат во различни бази на податоци. Информации за страниците за врзување на факторите на транскрипција
може да се најде на пример во регулаторот за биологија
DB (6) или PRODORIC (7), додека метаболички реакции или патишта од други бази на податоци како што се BRENDA (8), BioCyc (5), KEGG (9), PseudoCyc(10) и УМ-БДД (11) мора да се добијат. Комбинацијата на знаење од повеќе дисциплини и ресурси на податоци ќе го унапреди нашето разбирање на клеточните процеси и ќе доведе до предвидување на клеточното однесување во целост. Како резултат, ја изградивме базата на податоци SYSTOMO-NAS, што претставува основа за пристап кон биолошката система. Тука се концентрираме на интеграцијата на податоците за групата биологија, биотехнолошки и медицински релевантни бактерии
СОДРИНА за комплексноста на Систомонад во пристапот на биологија на системите бара фокус на одреден добро проучен организам. Ја избравме биологијата Грам-негативни протеобактерииПсевдомонасаеругиноза. Овој организам е разноврсна почвена бактерија и важен опортунистички патоген што предизвикува постојана инфекција кај имунокомпромитирани пациенти (12). Нашата долгорочна цел е да развиеме динамичен модел што го симулира однесувањето на инфекцијата со P. aeruginosaduring. Основата на нашиот пристап е СИСТОМОНАС, сеопфатна база на податоци што содржи податоци од сите нивоа на анализа, како што се податоци за микро-низа и протеомика, мерења на метаболити од биологија, податоци за низа, мрежни регулаторни мрежи и соодветни податоци за ензимите. * На кого треба да им се испрати преписката. Тел: +49 531 391 5801; Факс: +49 531 391 5854; Е-пошта: [email protected]Ó2006 авторот (ите) на биологијата
(mk) .Ова е напис за отворен пристап дистрибуиран според условите за биологија на некомерцијалната лиценца за извор на Creative Commons (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.0/uk/) за неограничена некомерцијална употреба, дистрибуција и размножување во секој медиум, под услов оригиналното дело да биде соодветно цитирано. Истражување на нуклеински киселини, 2007, том 35, база на податоци D533 - D537doi: 10.1093/nar/gkl823 Нашата база на податоци содржи информации за осум различни видови и соеви, чии геноми се целосно секвенцирани и функционално коментирани. Во прилог на медицински релевантни P.aeruginosathe generapseudomonas содржи разни важни фитопатогени и биотехнолошки и еколошки интересни видови.