Вирус на хепатитис во Генотипирање на Синево Молдавија
Општи информации и препораки
Како и другите РНК вируси, HCV има на ниво на нуклеотид значителна генетска разновидност генерирана од високата стапка на мутации на вирусот. Со цел да се структурира оваа генетска разновидност на одреден начин, беше формулирана класификација на HCV во 6 генотипови (наречени 1, 2, 3, 4, 5, 6) врз основа на филогенетската анализа на геномската низа. Секој генотип, пак, е филогенетски поделен на еден или повеќе подтипови (наречени a, b, c, итн.). Овие имиња станаа стандарден систем за новата номенклатура на генотипови HCV 10; 11. Покрај тоа, луѓето инфицирани со ХЦВ циркулираат и се однесуваат како мешавина од изразени вирусни популации наречени квази-видови.
6-те главни генетски типови се разликуваат едни од други во нуклеотидните низи во пропорција од 30-35%; помеѓу подвидовите има разлика од 20-25%, а во рамките на истиот подтип, разлика до 10%.
Геномот на HCV е составен од домени кои многу се разликуваат во стапката на мутации и варијабилноста на нуклеотидните низи. Така, непреведениот регион на 5 'крај од геномот (5'UTR) е најдобро зачуваниот домен, со најбавна стапка на еволуција. Потоа следи генот C (јадро) кој го кодира јадрото на протеинскиот нуклеокапсид и кој еволуира три пати побрзо во споредба со регионот 5'UTR. Гените кои ги кодираат E1 и E2 ковертните протеини ја сочинуваат хиперваријабилната област, која се разликува од еден до друг изолат. Ова им овозможува на вирусот да ги заобиколи имуните механизми на домаќините насочени против достапните протеини во вирусниот плик.
Генотипите и подвидовите на ХЦВ претставуваат сложени обрасци на географска дистрибуција, релативна распространетост и начини на пренесување на инфекцијата, кои можат подобро да се разберат ако се класифицирани во три групи:
1. Епидемиската група опфаќа подвидови 1а, 1б, 2а, 2б и 3а, кои имаат глобална дистрибуција и се одговорни за повеќето инфекции ширум светот. Брзото глобално ширење на овие подвидови произлегува од нивното ефикасно пренесување преку заразени крвни производи и администрација на интравенски лекови. Подтиповите 1б и 2а се претежно поврзани со пренесување преку крвни производи и нивната релативна распространетост е намалена во последниве години како резултат на подобрениот скрининг на донаторите. Подтиповите 1а и 3а се наоѓаат главно кај зависници од дрога и нивната распространетост се зголемува.
2. ендемската група има помала дистрибуција отколку епидемиската група ограничена на одредени региони. На пример, подтиповите на генотипот 6 се наоѓаат само во Југоисточна Азија. Многу високата генетска разновидност на ендемичните соеви сугерира на долгорочно истражување на инфекцијата во овие региони како резултат на одржување на релативно неефикасните начини на пренесување, вклучително и сексуална.
3. Локалната епидемиска група има голема преваленца во одредени региони и популации на светот. Така, подтипот 4а е одговорен за инфицирање на повеќе од 10% од населението во Египет и ретко се наоѓа надвор од Блискиот исток. Епидемиолошките студии сугерираат дека овој феномен се случил во текот на дваесеттиот век, за време на масовната интравенска администрација на лекови против шистозомијаза 11 .
Кај нас преовладува генотипот 1б и мешавина од генотипови 1а и 1б 4. Една неодамнешна студија спроведена во Институтот Матеј Балс во Букурешт на 670 пациенти покажа 99,7% преваленца на HCV генотип 1 6 .
Познавањето на вирусниот генотип обезбедува прогностички информации во врска со ефикасноста на терапијата кај пациенти со хроничен вирусен хепатитис HCV. На пример, генотипот 1б (најчесто стекната пост-трансфузија) е поврзан со слаб одговор на третманот и зголемен ризик од цироза и хепатоцелуларен карцином. Од друга страна, генотипите 2 и 3 (стекнати претежно преку употреба на лекови i.v.) се поврзани со поволен одговор на антивирусна терапија 7; 8; 9 .
Националниот институт за здравство на САД (НИХ) во 2002 година покажа дека утврдувањето на генотипите на ХЦВ е важно при изборот на оптимални дози на интерферон и рибавирин, како и за времетраењето на третманот. Така, кај пациенти со генотип 1 од див тип, се препорачува времетраење на третманот од 48 недели, а за пациенти со генотип 2 и 3, времетраење од 24 недели со пониски дози на рибавирин. Корисно е за генотипизирање на ХЦВ да се изврши кај сите инфекции на вирусот Ц пред да започнете со каков било третман 1 .
Тестот извршен во нашата лабораторија користи PCR техника за засилување на некои региони на геномот на HCV проследен со обратна хибридизација за идентификување на HCV генотиповите 1 до 6 и подвидовите a и b на генотипот 1 5 .
Регионот 5'УТР претставува повеќе низи специфични за секој генотип распоредени по 7 мали променливи региони кои можат да дадат точни информации за генотипите 1-5 и подвидовите а и б од генотипот 6. Поради големата последователна сличност, подклипови од генотипот 6 ( претходно класифицирани како 7, 8, 9 и 11) не може да се разликува од генотипот 1 само со анализа на регионот 5'UTR. Точноста на идентификување на подвидовите 1а и 1б со анализа на регионот 5'UTR е помеѓу 80% и 95% и зависи од специфичните тестирани изолати 3. Нашиот тест користи секвенци од основниот регион во врска со регионот 5'UTR за да идентификува генотип 6, под-типови c-1. За да се подобри точноста на идентификацијата на подтиповите 1а и 1б, вклучени се дополнителни основни 5 генски низи. .
Обука на пациентот - не е потребна посебна обука 5 .
Примерок собрани - крвта ќе дојде 5 .
Контејнер за берба - вакутаин кој содржи ЕДТА како антикоагуланс 5 .
Количината собрана - колку што дозволува вакуумот 5 .
Причини за одбивање да се обиде - употреба на хепарин како антикоагуланс; коагулирани или хемолизирани примероци 5 .
Стабилност на тестот - ЕДТА крвта е стабилна 48 часа на 2-8ºС5 .
Метод - верижна реакција на полимеризација проследена со обратна хибридизација; биотинилираниот производ за засилување се подложува на процес на хибридизација со употреба на олигонуклеотидни сонди специфични за 5'UTR и основните региони на различните HCV генотипови фиксирани на нитроцелулозна лента; по чекорот на хибридизација, се додава конјугатот (стрептавидин означен со алкална фосфатаза), кој ќе се прикачи на биотинилираниот хибрид; додадениот хромоген супстрат на крајот ќе реагира со алкалниот комплекс стрепатвидин-фосфатаза и ќе генерира кафеаво-виолетова талог што ќе се визуелизира како ленти со ленти; толкувањето на резултатите се врши со помош на картичка 5 .
Граници и пречки
Генотипизирање на ХЦВ не се препорачува за скрининг или потврда на инфекција со ХЦВ. Тестот е можен само во случај на виремија C> 600 IU/mL.
Во некои случаи, може да се добијат незабележливи резултати како резултат на хетерогеноста на HCV геномските секвенци, мешаните инфекции или (реткото) постоење на рекомбинантни HCV соеви 5 .
1. Упатства за вежбање на ААСЛД http: /www.aasld.org/pdffiles/Prac._Guide_Hep_C
2. Консензус Конференција Третман на хепатитис Ц. Меисон де ла Чими, Париз, Франција, 27 - 28 февруари 2002 година. Национална агенција „Акредитација и д“ Евалуација на Санте (ANAES).
3. Чен З, Век К.Е. Генотипизација на вирусот на хепатит Ц: испрашувањето на 5 ’непреведениот регион не може точно да ги разликува генотипите 1а и 1б. Во J Clin Microbiol. 2002 година; 40: 3127-3344.
4. Илеана Константинеску, Клинички институт Фудени. Генотипизација на вируси на хепатитис во Романија. Симпозиум јуни 2008 година, Тг. Мурес: Улогата на техниките на молекуларна биологија во разјаснувањето на механизмите на инфекција со вирусот на хепатит Ц, како и во откривањето на нови маркери за фиброза и хепатоцелуларен карцином поврзани со оваа инфекција.
. 5. Лабораторија во Синево. Специфични препораки на користената технологија за работа. 2009. Ref Type: Каталог.
6. Неага Емил. Преваленца на генотип 1 на ХЦВ во Романија. Симпозиум јуни 2008 година, Тг. Мурес: Улогата на техниките на молекуларна биологија во разјаснувањето на механизмите на инфекција со вирусот на хепатит Ц, како и во откривањето на нови маркери за фиброза и хепатоцелуларен карцином поврзани со оваа инфекција.
7. Нгуен М.Х., Кифе Е.Б. Преваленца и третман на генотипови на вирусот на хепатит Ц 4,5 и 6. Во Клин Гастроентерол Хепатол. 2005 година; 10: S97 - S101.
8. Павлотски Ј.М. Генетска варијабилност на вирусот на хепатит Ц: патогени и клинички импликации. Во Клин црн дроб дис. 2003 година; 7; 45 - 66 година.
9. Seeff LB, Hoofnagle JH Додаток: Национален конференција за развој на здравствениот консензус: Менаџмент на хепатитис Ц 2002 година. 2003 година; 7: 261-287.
10. Симондс П, Бух Ј, Комбет Ц и др. Предлози за консензус за унифициран систем на номенклатура на генотипови на вирус на хепатит Ц. Во Хепатол. 2005 година; 42; 962 - 973 година.