Причината за треската на жлездите на Фајфер е вирусот Епштајн-Бар
Во треската на жлездата на Фајфер, причина е вирусот Епштајн-Бар, кој се шири низ целиот свет. Ова е патоген од семејството на вируси на херпес, кој го носи името на неговите откривачи Мајкл А. Епштајн и Ивон М. Бар.

Фајферовата треска на жлездите не е само заразна за време на акутната болест: Штом ќе се зарази, вирусот сè уште може да се излачува со плунка години подоцна. Покрај контакт со плунка, можна е и инфекција со капки, Со други зборови, тоа е заразно со вдишување на многу ситни капки што влегуваат во воздухот кога заразено лице зборува или кашла. Во ретки случаи, вирусот Епштајн-Бар исто така може да влезе во организмот преку трансфузија на крв или трансплантација на органи.
Еднаш во телото, вирусот ги инфицира клетките на мукозните мембрани во устата, носот и грлото (епителни клетки) од една страна, и одредена подгрупа на бели крвни клетки (леукоцити) - т.н. Б лимфоцити од друга страна. Вирусот, исто така, достигнува до лимфните јазли и слезината, на пример, преку овие заразени имунолошки клетки.
Вирусот Епштајн-Бар се наоѓа само кај луѓето. Посебна карактеристика на вирусите на херпес е тоа што тие остануваат во организмот цел живот по првата инфекција. Така и вирусот Епштајн-Бар: тој ги чува своите гени во генетскиот материјал на Б-лимфоцитите. Сè додека сопствениот одбранбен систем на организмот е недопрен, вирусот нема да стане активен повторно. Ако имунолошкиот систем е нападнат, вирусите можат да се размножуваат за кратко време, а потоа исто така може да се забележат повторно во плунката; Меѓутоа, обично, телото успева да спречи ново избивање на треска на жлездата на Фајфер, борејќи се против патогенот.
Меѓутоа, ако имунолошкиот систем е потиснат од одредени болести (на пр. СИДА) или лекови (на пр. По трансплантација на орган), EBV може да се размножи неконтролирано и да доведе до сериозни болести. На пример, постои сомневање дека вирусот Епштајн-Бар може да предизвика и болест на Хочкин (карцином на лимфна жлезда) и други видови на рак. Се чини дека постојат разлики во различни региони: Додека Буркит-овиот лимфом е честа последица од инфекција со ЕБВ во Африка, во делови на Азија вирусот е поврзан со назофарингеален карцином, кој е распространет таму. Лекарите разговараат и за тоа дали ЕБВ игра улога во автоимуни болести како што е мултиплекс склерозата.